Theo sách Mạc Thị Gia Phả, sau khi triều đình nhà Thanh được thành lập tại Trung Hoa, một vị quan trung thành với nhà Minh là Mạc Cửu đã rời bỏ quê hương trôi dạt xuống vùng Đông Nam Á. Năm 1695, ông thần Phục vua Chân Lạp và xin được đến làm ăn tại Mang Khảm. Đến năm 1714, Mạc Cửu xin sát nhập Mang Khảm vào xứ Đàng Trong. Chúa Hiển tông Nguyễn Phúc Chu đồng ý phong cho Mạc Cửu chức Tổng binh, sau phong Cửu Lộc hầu. Vùng Mang Khảm được đổi thành trấn Hà Tiên.
Một thời gian sau, thân mẫu của Ngài Mạc Cửu là Thái Thái phu nhân cũng được đưa đến đây. Để có nơi chốn cho mẹ tu hành trong những năm cuối đời, Khai trấn Cửu Lộc Hầu Mạc Cửu đã cho xây dựng chùa Tam Bảo sau khi Thái Thái phu nhân quy y với Hòa thượng Ấn Hạ thuộc dòng Lâm Tế đời thứ 35. Tu hành được một thời gian, Thái Thái phu nhân tọa hóa trước Phật Đài. Mạc Cửu cho đúc kim thân của mẹ để thờ, đúc một Đại hồng chung để cúng và nghe tiếng chuông mà tưởng niệm mẹ hiền. Năm 1735, Mạc Cửu qua đời, con ông là Mạc Thiên Tứ (hay Mạc Thiên Tích) thay cha làm Đô đốc Tổng binh. Nổi tiếng là một người có tài làm thơ. Mạc Thiên Tích sáng tác 10 bài thơ Nôm lấy tựa chung là “Hà Tiên thập cảnh ngâm khúc” là mười bài vịnh 10 cảnh đẹp Hà Tiên, trong đó có bài “Tiêu tự thần chung” (Tiếng chuông sáng sớm ngân vang ở cảnh chùa tịch mịch) :
Chuông gióng chùa Tiêu tiếng tiếng cao
Chà thỏ bạt vang muôn khóm sóng
Oai kình tan tác mấy cung sao
Não phiền kẻ nấu sôi như vạc
Trí huệ người mài sắc tựa đao
Mở mịt gẫm dường say mới tỉnh
Phù sanh trong một giấc chiêm bao
Đời trụ trì đầu tiên của chùa Tam Bảo là Hòa thượng Ấn Hạ cũng là vị Hòa thượng khai nguyên cho Phật giáo xứ Hà Tiên. Đến nay, chùa Tam Bảo đã trải qua 19 đời trụ trì là những vị chân tăng như Hòa thượng Hòa Quang, Thiền sư Nhất Đới, Thiền sư Trí Tàng, Thiền sư Hoằng Ân, Thiền sư Hải Huệ, Thiền sư Giác Ngạn, Thiền sư Như Đức, Thiền sư Như Khả, Thiền sư Phước Chơn, Hòa thượng Thuần Hạnh, Yết ma Phước Thành, Hòa thượng Phước Ân (1920 – 1946), Hòa thượng Phước Quang, Hòa thượng Quảng Đức, Hòa thượng Vĩnh Đạt, Hòa thượng Chánh Định, Thượng tọa Thiện Giác (1960 – 1974) và từ năm 1974 đến nay là Ni sư Thích Nữ Như Hải (thế danh Huỳnh Thị Phước).
Sinh năm 1944 tại xã Hòa Ân, huyện Cầu Kè, tỉnh Trà Vinh, mẹ mất sớm, cha đi làm ăn xa, thủa nhỏ sống trong tình thương của ngoại và dì , năm 15 tuổi, Ni sư xuất gia tại Quan Âm tu viện vừa tu học vừa dạy trẻ từ lớp 1 đến lớp 5. Năm 1962, Ni sư được Bổn sư đưa đến Diệu Ấn ni tự tại thị xã Phan Rang tu học và sau đó, tiếp tục học thế pháp tại trường Bồ Đề Phan Rang. Đến năm 1963, Ni sư lại được đưa về tu học tại chùa Dược Sư suốt trong 11 năm vừa học thế pháp, vừa học Phật học. Năm 1974, Ni sư được Hòa thượng Thích Huyền Vi và Hòa thượng Thích Thanh Từ cử về trụ trì chùa Sắc Tứ Tam Bảo Hà Tiên cho đến nay. Hiện nay, Ni sư Như Hải là Phó trưởng ban Trị sự Tỉnh hội Phật giáo Kiên Giang, Đại biểu HĐND, Ủy viên Chữ Thập Đỏ và Ủy viên MTTQ của thị xã Hà Tiên
Từ ngày thành lập đến nay, chùa Tam Bảo đã được nhiều lần trùng tu lớn và nhỏ. Hai lần trùng tu được xem là lớn nhất là trong thời gian trụ trì của Hòa thượng Phước Ân (1920 – 1946) và trong thời gian trụ trì của Ni sư Như Hải từ 1974. Trong lần trùng tu lớn thứ 1, Hòa thượng Hồng Ân đã cho xây dựng lại chùa Tam Bảo với dáng vẻ khang trang uy nghiêm như ngày nay và cho trồng một số cây sao đến nay đã trở thành cổ thụ. Lần thứ 2, sau khi được cử về trụ trì chùa Tam Bảo, Ni sư Như Hải đã bắt đầu cho kiến tạo và trùng tu một số công trình như An vị Đức Quán Thế Âm Bồ Tát lộ thiên cao 5 m, nặng 7 tấn (1974), Lợp lại mái ngói Chánh điện và Nhà Tổ (1979), An vị tôn tượng Thiên Thủ Thiên Nhản (1987), An vị Đức Bổn sư Thích Ca ngồi dưới cội Bồ đề (1983), xây dựng cổng Tam quan, phục chế bức tường đã sụp đổ và chỉnh trang cảnh quan xung quanh chùa (1992).
Vốn xuất thân từ một Đoàn sinh Gia đình Phật tử nên Ni sư rất quan tâm đến tổ chức này. Năm 1985, Gia đình Phật tử chùa Tam Bảo được thành lập đã hướng dẫn thanh thiếu niên tu học tốt, thực hành Bi Trí Dũng trong đời sống. Ngoài ra, chùa Tam Bảo còn tổ chức thọ Bát Quan Trai mỗi tháng, được đặt tên là Đạo tràng Tuệ Giải, không những hướng dẫn Phật tử tu học còn thực hành hạnh từ bi thường tham gia công tác từ thiện xã hội kết hợp với Chữ Thập Đỏ thị xã Hà Tiên để luôn luôn thực hiện phương châm “tốt đạo, đẹp đời”.
Xem thêm: Tour Vũng Tàu